Postdoktor i utveckling av Ramanspektroskopi av jordmikrober

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 47 000 studenter och mer än 8 800 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Jämställdhet, lika villkor och mångfald är grundläggande principer för alla delar av vår verksamhet.

Särskild ämnesbeskrivning

Jordmånen är grunden för vårt samhälle och vår livsmedelssäkerhet, men den är fortfarande en av de sista domänerna i vårt moderna liv som teknologiseras.

Jordmikrober spelar en viktig roll som symbionter, patogener och drivkrafter i näringscykler, men de har varit svåra att studera i sina naturliga livsmiljöer. Vi vill använda och vidareutveckla en ny metod för att undersöka jordmikrobiella samhällen och arter över tid och rum. Med hjälp av mikrofluidiska jordchips och ett avancerat åtkomstsystem för mikroskopi och spektroskopi kommer vi att få tillgång till naturliga jordmikrobiella samhällen för att besvara frågor om deras tidsmässiga dynamik över veckor och årstider, deras interaktioner, såsom rovdjur–bytesdjur-relationer, samt deras rumsliga utbredning över tid.

Som en del av detta tvärvetenskapliga forskningsmiljöprojekt, finansierat av Vetenskapsrådet, kommer vi att utveckla automatiserad art- och samhällsidentifiering – särskilt med fokus på patogena jordsvampar – med hjälp av djupinlärningsalgoritmer som tränas på mikroskopibilder och Ramanspektroskopidata, vilka jämförs med klassisk DNA-profilering.

Vi söker nu en postdoktor som ska sammanställa en databas med Ramanspektra som beskriver olika mikrobiella arter, både i bulk och på encellnivå i mikrofluidikbaserade jordchips, under olika förhållanden som representerar verkliga jordmiljöer. Postdoktorn kommer att samarbeta med andra projektmedlemmar för att möjliggöra detektion och igenkänning av mikrobiella arter in situ, med hjälp av ett sensorsystem som i slutändan ska användas för jordövervakning i rum och tid i jordbruksfält.

Arbetsuppgifter

I arbetsuppgifterna som postdoktor ingår främst att bedriva forskning, bestående av att sammanställa ett bibliotek med Ramanspektra av laboratorieodlade och fältutvunna patogena svampkulturer i jord och andra mikroorganismer, och utveckling av spektrala insamlings- och analysprotokoll som gör det möjligt att effektivt använda dessa biokemiska data för att stödja optisk mikroskopi-baserade djupinlärningsalgoritmer för artidentifiering och karakterisering.

Undervisning kan ingå i arbetsuppgifterna för att främja karriärutveckling, dock högst en femtedel av arbetstiden. Inom ramen för anställningen ska det ges möjlighet till tre veckors högskolepedagogisk utbildning.

Arbetsuppgifterna innefattar även:

- Förbereda prover och registrera Ramanspektra av bulkmycel från laboratorieodlade patogena jordsvampar
- Förbereda prover och registrera Ramanspektra av svampar och andra jordmikroorganismer i encellsskala i mikrofluidikbaserade jordchips
- Utveckla provtagnings- och datainsamlingsprotokoll för insamling av representativa spektraldatabaser/bibliotek som kan implementeras, tillsammans med optiska mikroskopidata, för att träna djupinlärningsalgoritmer för mikrobiell identifiering och karakterisering i verkliga jordar.
- Analysera de producerade spektraldata.
- Vetenskapligt skrivande

Behörighet

Behörig att anställas som postdoktor är den som avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, inom anställningens ämnesområde och som avlagts högst tre år före datum för anställningsbeslut. Om det finns särskilda skäl kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Särskild vikt kommer att läggas vid vetenskaplig skicklighet inom ämnesområdena analytisk kemi (särskilt Ramanmikrospektroskopi) och jordmikrobiologi, men även andra ämnesområden kan övervägas om de bedöms vara relevanta för projektet. 

Övriga krav:

- Erfarenhet av att arbeta med spektroskopimetoder, särskilt Raman(mikro)spektroskopi
- Erfarenhet av spektral dataanalys i allmänhet och multivariata metoder i synnerhet
- Mycket god muntlig och skriftlig förmåga i engelska.

Bedömningsgrunder

Detta är en meriteringsanställning främst inriktad på forskning. Anställningen är tänkt som ett inledande steg i karriären och bedömningen av de sökande kommer i första hand att baseras på deras vetenskapliga meriter och potential som forskare.

Särskild vikt kommer att fästas vid vetenskaplig förmåga inom ämnesområdet.

Vid anställning av postdoktor ska följande utgöra grund för bedömning:

- God förmåga att utveckla och genomföra forskning av god kvalitet.
- Pedagogisk förmåga
- Uppfyllelse av ovanstående krav.

Övriga meriter:

- Erfarenhet av att hantera och analysera biologiska, särskilt mikrobiella, prover
- Erfarenhet av maskininlärningsmetoder.

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms komplettera och stärka pågående forskning inom institutionen samt bidra till dess framtida utveckling.

Villkor

Anställningen är tidsbegränsad till 2 år och avser heltid. Anställningen tidsbegränsas enligt avtal, “Avtal om tidsbegränsad anställning som postdoktor”, mellan arbetsmarknadens parter daterat 2022-02-01 (Arbetsgivarverket, OFR:s, och Saco-S).

Instruktioner för ansökan

Ansökan ska skrivas på engelska och innehålla:

- Meritförteckning/CV inklusive publikationslista.
- Följebrev, inklusive en generell beskrivning av tidigare forskningsarbete och framtida forskningsintressen (max två sidor).
- Kontaktuppgifter till minst två referenser.
- Kopia av examensbevis för doktorsexamen samt ev. andra intyg/betyg som du önskar åberopa.

Vid Naturvetenskapliga fakulteten bedrivs forskning och utbildning inom biologi, astronomi, fysik, geovetenskap, kemi, matematik och miljövetenskap. Verksamheten bedrivs vid åtta institutioner samlade inom norra universitetsområdet. Fakulteten har ca 1 500 studenter, 330 forskarstuderande och 700 anställda.

Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.